Na série Pokémon aparecem diferentes organizações criminosas cujo objetivo é dominar o mundo. Para isso, eles pretendem usar o poder dos pokémons para batalhar e por isso buscam capturar pokémons poderosos.
A Equipe Rocket (foguete, em inglês) é o time de vilões no mundo de Pokémon. Seu plano é roubar Pokémons fortes para dominarem o mundo, porém como vilões planos sempre fazem maldades que afetam a vida de todos. Normalmente têm raízes em todos os cantos do mundo. Querem pegar os pokémon mais fortes, não se importando com os sentimentos deles. Eles tem uma saudação (a dupla inimiga de Ash, a principal do anime, Jessie e James) e são, no anime,os únicos, além de Cassidy e Butch, a usarem lemas,que foram modificados no início de Batalha da Fronteira e Diamante e Pérola.
Giovanni é o líder da Equipe Rocket. Ele comanda tudo nas sombras, evitando mostrar seu rosto. Seu maior sonho era capturar o pokémon mais forte, e para isso ele precisava da Master Ball (uma espécie de Pokébola que captura qualquer pokémon sem resistência). Usando seu grupo de capangas, prende o presidente da Silph. C.O. (Silph Corporation), que criou essa bola, porém os planos dele foram impedidos pelo protagonista do jogo. Ele foge.
Os planos dele prosseguem, e é quando ele volta para seu ginásio, na cidade Viridian. O protagonista do jogo o enfrenta, e perde, Giovanni se sente humilhado, terminando a equipe Rocket. Porém os planos dele não seguiram como esperado.
Querendo reviver a Equipe, dois executivos de alto escalão resolveram comandá-la. O plano deles seria atrair Giovanni até a base deles. Para isso, eles precisavam chamá-lo. Foi quando eles tiveram uma ideia excelente. Com sua nova base em Mahogany, arquitetaram um jeito de entrar na torre de rádio de Goldenrod. Nos preparativos finais, Lance, da Elite dos Quatro, e o protagonista do jogo (não o mesmo que o de antes) os derrotam, destruindo a base deles. Porém eles conseguiram entrar em Goldenrod. Os planos deles estavam quase completos, quando o protagonista do jogo aparece e os derrota de novo. Sem ter para onde fugir, a Equipe Rocket desaparece de vez.
No anime a Equipe Rocket é composta por Jessie, James e Meowth, não são apenas eles, mas a principal dupla Rocket humana,(este pokemon não pertence a nenhum treinador) que ficam perseguindo os protagonistas em todos os episódios. Eles tem suas pricipais(ou quase todas)na região de Kanto. A Equipe Rocket é a principal organização criminosa do anime , criando o Pokémon mais forte do mundo , o Mewtwo no primeiro filme Pokémon. Giovanni(líder da Equipe Rocket) e também líder do ginásio de Veridiana , mas Ash consegue sua insígnia, porém quem tomava conta do local eram Jessie e James , protagonistas da equipe no anime , que sempre tentam pegar o Pikachu do Ash mas nunca conseguem e também chamam Ash e cia de pirralhos (愚かな男の子silly boys, pirralhos?), um trocadilho da versão japonesa. O principal Pokémon dessa dupla e um Meowth falante. Além de Jessie, James e Meowth, aparecem no anime a dupla rival Cassidy e Butch, eles possuem aparelhos muito mais avançados construidos pelo Professor Namba. Essa organizacao pretende usar os Pokémons para derrotar a todos e dominar o mundo. Obs:Antes que Giovanni fosse o comandante da Equipe Rocket , a líder era sua mãe, Madame Boss.
Obs:A Equipe Rocket do anme nunca acabou e seu líder continua sendo o Giovanni.
As equipes Aqua e Magma aparecem nas versões Ruby, Sapphire e Emerald dos jogos Pokémon correspondentes à terceira geração. Seus roles são diferentes através das três versões deste jogo.
Em Ruby, a Equipe Aqua se há amigo do protagonista e tenta deter à Equipe Magma de conquistar o mundo. Magma tem vários complôs, todos eles envolvem expandir a massa de terra para que assim mais Pokémon possam viver na terra. O líder, Maxie, tomada a Esfera Vermelha do Monte Pírico (Mt. Pyre). Se diz que a Esfera Azul tem um grande poder e Maxie acha que pode controlar ao legendário Pokémon Groudon com dita esfera. Roubam um submarino e entram à Caverna Abissal (Seafloor Cavern), onde exitosamente despertam Groudon. No entanto, Groudon desobedece e foge. Quando Maxie sai à superfície, se paralisa ao descobrir que Hoenn se está aquecendo sob um fulminante sol. O jogador entra na Caverna da Origem e pode capturar ou conter o Groudon desequilibrado, revertendo Hoenn de volta à normalidade. A última vez que se vê Maxie é em Mt. Pyre deixando a esfera Azul e o protagonista deixa a esfera Vermelha.
Em Sapphire, as situações são inversas. A Equipe Magma se há amigo do protagonista e tenta deter à Equipe Aqua. A Equipe Aqua rouba a Esfera Vermelha para despertar o legendário Pokémon Kyogre. Em lugar de expandir a massa de terra, eles buscam expandir o mar para que assim mais Pokémon possam viver no mar. Como Groudon, Kyogre foge depois de ser despertado. E traz tempestades eternas em lugar de um sol abrasador. Como em Ruby, o jogador entra na Caverna da Origem (Origin Cave) para reverter Hoenn de volta à normalidade. A última vez que se vê Archie é em Mt. Pyre deixando a esfera Vermelha e o protagonista deixa a esfera Azul.
Em Emerald, ambas equipes são inimigas. Em Ruby e Sapphire, ambas equipes tinham seus esconderijos secretos no mar. Em Emerald, a Equipe Magma tem sua base em um lugar chamado Desfiladeiro (Jagged Pass), onde Maxie desperta Groudon e foge. Como em Sapphire, Archie rouba o submarino e vai à Caverna Abissal (Seafloor Cavern) para despertar Kyogre que também foge. Em uma curta cena, Groudon e Kyogre começam a brigar em Arrecípolis (Sootopolis City). O jogador entra na Caverna da Origem para obter informação de Wallace que revela a existência de um terceiro Pokémon que vive no Pilar Celeste (Sky Pillar), o jogador navega para lá e desperta o legendário Pokémon Rayquaza.
Rayquaza então desce e força os dois legendários a retroceder. Os Pokémon se podem capturar em Lv 70 depois de completar a Liga Pokémon (Exceto Rayquaza que se pode capturar de imediato no Sky Pillar a Lv 70 depois de resolver esta batalha). A última vez que se vê aos líderes é deixando as esferas em Mt. Pyre (em você vê de uma esfera, neste jogo se obtém o emblema Magma).
No mundo Pokémon, a Team Aqua ou Equipe Aqua é um grupo de ladrões/pacificadores na região Hoenn. Se especializam em Pokémon de água e noturnos (sinistros ou sombrios).
A base da Equipe Aqua é um submarino nuclear gigante fora do mar, com um helicóptero para viajar por mar e terra. Os membros da equipe usam camisas brancas com raias horizontais pretas e jeans. Seu lenço tem uma letra "A" desenhada com forma de ossos (como os das bandeiras piratas). Como a Equipe Magma, a Equipe Aqua é dirigido por uma rude Comandante. Shelly (Izumi na versão japonesa) é referida como a Líder da Equipe Aqua, mesmo que o atual líder é Archie (Aogiri na versão japonesa).
A Equipe Aqua é comparado com uma banda de piratas e são expertos no campo da Oceanografia da mesma forma que dos Pokémon de água. Eles só existem na região Hoenn e não reconhecem à Equipe Rocket, a diferença da Equipe Magma. A Equipe Aqua são os antagonistas principais da Equipe Magma e estão atualmente em uma guerra com os outros. A principal meta da Equipe Aqua é inundar (parcialmente) o mundo como um gigante oceano para seus Pokémon de água, achando que fazendo isto farão do mundo um lugar melhor. Para esse fim, despertam Kyogre de seu sonho.
Archie
Archie (アオギリ, Aogiri) é o chefe da Team Aqua.
Nos jogos, é um indivíduo errado que achava estar fazendo o correto.
No anime, é um implacável vilão que uma vez foi amigo de Maxie. No entanto, como chegou em ser mais avançado no crescimento Pokémon, se voltou mais ambicioso, e organizou à Equipe Aqua e brigou contra a Equipe Magma pelo controle do mundo. No episódio 306 ("A Luta das Lendas"), Archie absorveu a Esfera Vermelha no seu corpo, ganhando o poder de controlar Kyogre, mas a esfera foi expulsa de seu corpo porque não poderia tomar a tensão da energia do orbe. Archie não tem lembranças desse evento.
A Equipe Aqua aparece na temporada Pokémon Advanced Battle (Batalha Avançada), onde tentam controlar o mundo. Shelly, disfarçada como um Magma, deixa Kyogre no mar, o qual foi depois usado para destruir a ilha onde estava o grupo dos Magma. Archie usou a Esfera Vermelha para controlar Kyogre, e lhe ordenou para destruir a ilha, porém mais uma vez, nossos heróis conseguiram salvar o mundo. Quando o Pikachu de Ash se enlaçou com a Esfera Azul, Groudon atacou Kyogre, mas no final, Ash o venceu o mesmo.
No mundo Pokémon, a Team Magma ou Equipe Magma é outro grupo de ladrões/pacificadores na região Hoenn. São um grupo de expertos nos campos da geologia e das Placas Tectônicas. Como a Equipe Rocket, alguns rebeldes são ladrões de Pokémon, mas a Equipe Magma se especializa no campo dos Pokémon de Fogo e Noturno.
O grupo usa uniformes de cor vermelho escuro com um "M" preto estilizada, feita de montanhas ou vulcões nas suas camisetas. O líder da Equipe Magma é Maxie (Matsuba na versão japonesa), mas seu segundo comando é o Comandante, chamado Tabitha (Homura na versão japonesa). Outro notável membro da Equipe Magma é Brody (Ban'nai na versão japonesa), quem possui um Ditto e é capaz de imitar a voz e aparência de qualquer que deseje. A Equipe Magma a miúdo usa equipe que é normalmente usado para experimentos com temperaturas altas. Não têm veiculos, exceto o helicóptero do Comandante.
A Equipe Magma é a rival mais impiedosa da Equipe Aqua. Mesmo que a Equipe Magma não exista fora da região Hoenn, conhecem o trabalho da Equipe Rocket, que não tem uma filial em Hoenn. O propósito principal da Equipe Magma é expandir a massa de terra, achando que por criar mais espaço para a vida na terra eles farão do mundo um lugar melhor. Para esse fim, despertaram Groudon de seu sonho.
A Equipe Magma frequentemente faz aparições na temporada Pokémon Advanced (Força Máxima), e são vistos simplesmente como os "irmãos maiores" mais que um adequado arquerrival. Eventualmente desaparecem depois da batalha entre Groudon e Kyogre. Se verificou que nem a Equipe Aqua nem a Equipe Magma aparecerão em alguns episódios futuros de Pokémon(não há mais motivos para eles,já que Groudon e Kyogre foram adormecidos, e os únicos instrumentos que poderiam acordá-los -A Esfera Vermelha e a Esfera Azul- se autodestruíram). Brody, no entanto, faz uma aparição final depois do desaparecimento da Equipe Magma.
Maxie
Maxie (マツブサ, Matsubusa) é o líder da Equipo Magma.
No anime e nos jogos, Maxie quer apagar a maioria do mar por mais terra usando (em Ruby e Emerald) um vulcão a Groudon. Está mais errado que seu rival, e acha que suas ações beneficiarão a outros.
Maxie conhece a Ash no episódio "Ganhando Groudon" e lhe diz seus sonhos, conta além disso a Ash sobre a Esfera Azul, a qual poderia controlar Groudon, e com ela nas suas mãos, poderia fazer uma melhor vida para ele. Repentinamente, Pikachu é possuído pela Esfera Azul. Assim pode controlar Groudon, e uma catastrófica batalha começa.
Depois da batalha, Maxie agradece a Ash, descobrindo que a terra de Hoenn foi perfeita da maneira em que está. Ele deixa à Equipe Magma e desde então não se volta a vê-lo.
Equipe Galática
Aparece nos jogos Pokémon Diamond & Pearl e novamente emPokémon Platinum. Em Pokémon Diamond a Equipe Galática quer controlar o tempo e captura Uxie, Mesprit e Azelf para controlarem os sentimentos de Dialga (o Pokémon que controla o tempo), porém no Spear Pylar o protagonista do jogo derrota o seu líder (Cyrus) e acaba com seus sonhos assim como a sua organização. Em Pokémon Pearl o único fato que muda é que essa equipe quer controlar o espaço através da captura de Palkia (o Pokémon que controla o espaço) o fim dela é o mesmo. Já em Pokémon Platinum a história muda e a equipe quer controlar o tempo, o espaço e o Mundo Inverso (Reverse World) capturando Dialga, Palkia e Giratina (guardião e portal entre o Mundo Inverso e a Terra) e com a derrota de Cyrus na luta com o protagonista no Mundo Inverso que ele decide acabar com a Equipe Galática e viver no Mundo Inverso. Entretanto em Platinum o professor Pluto dá continuidade a essa equipe até o fim da mesma na Spark Mountain quando este perde para o protagonista. Também nesta edição um detetive investiga a Equipe Galática, descobrindo muitos fatos importantes que são passados ao protagonista. Em ambos os jogos os comandantes da equipe são: Júpiter, Saturno e Marte.
Cyrus (Akagi no Japão) é o chefe da Team Galactic que cresceu em Sunyshore City. Ele é um líder muito estranho, sua pele é extremamente pálida e é uma pessoa fria, perversa e calculista.
No anime a Equipe Galática iniciou com uma aparição indiscreta nas ruínas de Solaceon. Mais tarde aparecem de verdade em Veilstone e reaparecem em Celestic e na Ilha do Ferro (por enquanto a história da equipe não possui fim, devido ser a temporada atual do anime no Japão). Os comandantes da equipe são os mesmos dos jogos.
Caçadora J
Apesar de não pertencer a nenhuma organização criminosa, possui sozinha um esquadrão que trabalho roubando pokémons com ela. É uma das vilãs mais frias e malígnas do desenho. Ela recebe propostas de compradores de pokémons raros e os rouba para eles. rouba sempre os mais poderosos pokémons que vê, por valerem mais. para isso ela os transforma em pedra, usando seu bracelete e os leva para sua nave em uma cápsula, onde ficam trancafiados. Costuma usar Drapion, Ariados e Salamance. Atua em Sinnoh.
Já roubou: Pikachu, Meowth, Riolu, Ninetales, Kirlia, Gardevoir, Swampert, Teddiursa, Shieldon, Absol, Magby, Relicanth e quase o Regigigas.
Não aparece em nenhum jogo.
Obs: Seu final ainda não é conhecido pois participa da temporada recente, exibida no Japão.